조현병의 원인으로 생물학적 요인을 들 수 있다. 조현병 가계에서 조현형 성격장애가 유난히 많은 것은 이 장애가 유전적인 공유인자가 있다는 것을 보여주는 것이다. 연구자들은 분자유전학을 통해 조현병에 관여하는 유전자를 밝혀내려고 노력해 왔다. 조현병의 원인에 대해 한 가지 특정 염색체에 작용하는 변이 된 유전자로만 설명할 수 없는 이유는 많은 유전자가 질병에 취약하게 작용하기 때문이다. 조현병 원인과 관련된 생화학적 이상으로는 1960년대 '도파민 가설'이 지지가 되어왔다. 이 가설은 신경전달물질인 도파민을 사용하는 어떤 뉴런이 너무 자주 점화되면서 지나치게 많은 메시지가 전달되어 조현병이 발현된다는 것이다. 이 가설은 파킨슨병을 앓는 사람이 도파민 수준을 올리는 약을 사용하자 조현병과 유사한 증상을 보이면서 가설이 입증되었다. 그러나 최근에 조현병이 도파민 활동뿐만 아니라 세로토닌의 비정상적 활동이나 상호작용과 관련이 있다고 추정되고 있다. 이 밖에 출생 전후의 생물학적 환경, 즉 태내에 있을 때 어머니의 외상, 영양실조, 감염, 중독 등의 태내 환경, 출생 시 외상, 산소 결핍 등의 문제, 출생 직후 감염, 영양 부족 등의 문제도 조현병 취약성 발현 요소로 알려졌다. 또 다른 원인으로는 구조적, 기능적 뇌 이상의 요인이 있다. 정교한 뇌 영상 기술이 발달하면서 조현병 환자의 발병과 관련하여 뇌의 기능적, 구조적 측면의 이상에 대한 증거들이 늘어나고 있다. 조현병 환자 중 뇌척수액이 들어 있는 뇌실이 더 큰 환자는 양성 증상은 적지만 병이 발생하기 전에 사회 적응이 더 어렵고 인지적인 문제도 더 크게 나타난다. 뇌실 확장은 뇌 일부가 적절하게 발달하지 못했거나 손상을 입었다는 가능성이 높다. 또한 어떤 조현병 환자의 경우 측두엽과 전두엽이 보통 사람보다 더 작고 회백질 양이 더 적으며 뇌 혈류도 비정상적으로 감소했다. 이 외에도 조현병 환자는 정상 통제집단에 비해 광범위한 신경인지 기능에서 결함을 보인다고 보고 되고 있다. 조현병 환자의 신경인지 결함은 장기 입원이나 약물 복용 때문만이 아니라 발병 이전부터 이미 기능 이상이 발견된다고 보고 되고 있다. 조현병 집단은 지속적 주의력 검사에서 정상 집단보다 수행이 떨어지며, 정신적 칠판이라고 할 수 있는 작업기억에서도 손상이 일관성 있게 보고 되고 있다. 조현병 원인론에는 생물학적 요인이 크게 작용하지만 뇌 발달의 주요 시기 동안에 일어나는 스트레스와 같은 환경적 요인의 영향도 작용한다. 좋은 환경은 유전적 소인이 있더라도 조현병 발병률을 낮출 수 있다. 조현병을 일으키는 원인에 대해 분명한 것은 없고 매우 복잡한 요인에 의해 발병된다는 것이 학계의 보고이다. 소질 스트레스 모델은 출생 전 혹은 출생 과정이나 출생 후에 노출된 스트레스와 상호작용하여 조현병이 생기는 것으로 보고 있다. 뇌 경로가 이상하게 발달하며 같은 경로들이라고 해도 수많은 방식으로 손상이 일어날 수 있다. 조현병이라는 결과는 수많은 요인이 원인제공을 하기 때문에 조현병을 일으키는 단일 요인을 찾기가 쉽지는 않다. 조현병을 약물 치료와 생물학적 요인과 유전적 요인을 규명하면서 심리학적 원인을 찾아내는 것에 소홀히 여긴 경향이 있다. 그러나 인간은 생물학적 존재이기도 하지만 심리적, 사회적, 정서적 존재이므로 정신증 발병에 심리적 원인도 찾아야 한다. 조현병의 원인에 대한 가장 유력한 심리학적 설명은 정신분석적 설명이다. 프로이트는 조현병을 자아 이전 단계로 퇴행하는 것이며, 자아 통제를 재정립하려는 노력이라고 보았다. 예를들어 부모가 양육을 잘하지 못하면 초기 발달단계로 퇴행하여 자기애 상태에 머무르며 자신의 욕구만을 인식하고 충족한다는 것이다. 퇴행의 결과 자기의 중요성을 과장되게 지각하는 과대망상과 같은 자기중심적 증상이나 신조어 같은 증상이 나타날 수 있다고 한다. 유아기로 퇴행하게 되면 자아 통제를 다시 획득하고 정립해서 현실과 접촉하려고 노력하게 된다는 것이다. 조현병에 대한 정신분석학적 설명이 광범위하게 지지를 얻지 못하는 것이 현실이다. 그러나 실제 환자들의 망상 내용을 보면 무의식적 보상 기제가 작용한다는 것을 알 수 있는데 이는 환청이 현실감 상실을 보상하려는 무의식적 시도라는 점은 정신분석적 설명이 설득력이 있음을 보여준다. 예를 들면 남편의 실직으로 경제적 어려움을 겪던 한 여성 환자는 대통령이 자신에게 큰 액수의 돈을 송금해 주기로 했다는 망상을 보였는데 이런 망상의 내용은 자신이 겪고 있는 경제적 어려움을 해결하는 쪽에 초점이 맞추어져 있는 것을 볼 때 무의식적 보상 작용이나 유아기적 환상이 적용하고 있다고 해석해 볼 수 있다. 인지적 관점에서 볼 때 환상과 지각적 어려움을 경험하면서 조현병에 걸린 사람의 뇌에서는 실제로 괴상하고 비현실적인 감각이 발생하여 이 감각을 스스로 이해하려는 과정에서 현실과 괴리된 부적절한 해석을 할 수 있다. 이는 미친 행동으로 이어지는 합리적 경로를 갖는 것인데 환청이나 감각적 이상을 경험하면 스스로 이상한 경험과 지각을 어떻게든 설명하고 이해하고자 피해망상이나 신념을 만들어 낸다. 매우 종교적이고 과잉보호하는 편집적인 부모를 둔 한 아동이 학교에서 괴롭힘을 당한 후 정신병이 발병하는 경로를 살펴봄으로 인지 왜곡의 과정을 살펴볼 수 있다. 괴롭힘을 당한 아이는 분노와 슬픔을 통해 기분 및 생리적 변화를 느끼게 되고 친구들을 피하기 시작하고 다른 아이들이 자신에 대해 뭐라고 하는지 신경을 쓰게 된다. 더 나아가 자신은 괴롭힘을 당할 만한 사람이고 다른 사람이 자신을 해치려고 하니 스스로 자신을 지켜야 한다는 잘못된 지식이 들어오게 된다. 또한 주변의 모든 사람이 자기 욕을 하는 것이라고 믿고 이웃이 자신의 이야기를 뭐라고 하는지 엿듣는 등의 행동을 보이게 된다. 이런 인지 모델은 정신병으로 발병하는 데 있어서 인지 왜곡이 큰 영향을 미친다는 것을 알 수 있다.
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